A especialidade de Gastrenterologia trata as doenças do aparelho digestivo, que engloba: o tubo digestivo (esófago, estômago, intestino delgado, cólon e ânus) bem como os designados órgãos anexos (fígado, vesícula e vias biliares, pâncreas e baço).
Tem tido grande desenvolvimento, graças aos imensos avanços tecnológicos, especializando-se em várias áreas e tratando o que há pouco tempo era só domínio da Cirurgia. Importante é também a participação em consultas de decisão terapêutica conjuntamente com outras especialidades.
A Clínica de São João de Deus tem um corpo clínico, de meritório reconhecimento e excelência clínica nesta área.
Realiza técnicas endoscópicas: Endoscopia Digestiva Alta, Colonoscopia Diagnóstico e Terapêutica , Polipectomia do tubo digestivo (remoção de polipos), Fibrosigmoidoscopia. Tem uma consulta de Proctologia (patologia anal e hemorroidária), e despiste do Cancro Colo-Rectal.
